龐雜的基因測序工作如何能既快又準？這是這項先進技術廣泛應用于人類健康的關鍵。近日，大內存軟件公司MemVerge和國內單細胞基因研究生物技術企業(yè)百奧智匯聯(lián)合宣布，雙方成功利用大內存技術加快了單細胞核糖核酸測序（scRNA-seq）分析的時間。
據(jù)介紹，與傳統(tǒng)的基于DRAM的解決方案相比，由英特爾? Optane?持久內存（PMEM）和來自MemVerge的Memory Machine軟件組成的尖端的解決方案讓單細胞核糖核酸測序的加載時間快了800倍，讓某些計算階段的執(zhí)行速度提高了25倍。
單細胞核糖核酸測序分析是一個包含多個大規(guī)模數(shù)據(jù)處理步驟的過程。MemVerge方面介紹，長時間運行的過程屬于計算密集型，對內存資源具有很高的要求。計算時會使用非常大的矩陣，這需要適配內存的容量，同時中間階段的計算結果必須保存和重新加載到其他階段，這都造成了存儲和恢復的瓶頸。此外，該過程有許多階段還必須重復調整參數(shù)。
MemVerge稱，公司推出的Memory Machine軟件則解決了這些內存資源問題。其ZeroIO?內存快照功能消除了存儲IO瓶頸，可顯著縮短執(zhí)行整個單細胞核糖核酸測序分析的總體時間。MemVerge方面認為，使用下一代測序技術衍生出的大型矩陣的其他生物信息學分析，也可以用大內存軟件來進行加速。
MemVerge首席執(zhí)行官范承工博士表示，“到目前為止，內存基礎設施還沒有存儲方面可行的替代方案可供基因組測序使用。大內存以極低的成本提供與DRAM相同的高性能，并且具有復雜數(shù)據(jù)傳遞途徑所需的持久性和敏捷性?！?br />值得注意的是，在這場席卷全球的新冠疫情中，科學家們也在借助基因組測序來識別新的SARS-CoV-2變種，試圖了解對疫情發(fā)展的影響。此前的2月17日，鑒于新冠變異毒株傳播加劇，白宮宣布美國國家疾病控制和預防中心（CDC）將投資近2億美元，通過基因組測序來識別、跟蹤和緩解最新出現(xiàn)的SARS-COV-2病毒株。
“單細胞核糖核酸測序是推動癌癥和COVID-19研究進展的關鍵基礎研究方法之一。”百奧智匯生物信息業(yè)務主管Chris Kang表示，“MemVerge和英特爾開發(fā)的大內存平臺加快了我們的工作流程，幫助我們更快地生成結果，這將對未來更好地認知疾病，提高醫(yī)療水平帶來更多有效的方法?！?
